Udviklingsplanen for Flakkebjerg Efterskole er baseret på ønsket om at skabe et centralt spise- og fællesområde samt et ønske om at sammenbygge skolens forskellige bygningselementer, således at man på bedst mulig måde kan bevæge sig rundt i bygningsanlægget uden at skulle gå udenfor.

I forbindelse med ombygningen er der også foreslået at ombygge den eksisterende lade til ny elevbygning.

Der er endvidere foreslået en mindre tilbygning ved Scienseafdelingen med det store drivhusområde.